有机肥的使用出现效果不佳的原因很多，在此分两大类，第一类是生产企业的原因，第二类是使用方面原因。

       第一类：生产企业的原因

       企业生产控制方面的原因里面涉及到质量控制，在这里重点讨论养分、pH、氯离子含量、含盐量、阳离子交换量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金属、有害微生物等因素。

       这些内容有很多并不出现在有机肥料行业标准里面，但却不得不注意。

       1.养分

       由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样迈向了市场。有些企业检测发现养分不够，但也舍不得添加化肥补充，也使这些产品迈上了市场。无肥料登记证的企业所生产出来的产品，并不在市场上流通，一般是直接面向用户，这一块特别验证以监管。

       2.pH值

       原材料本身pH值就各有不同，在发酵过程中，pH变化也较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡，而过碱的有机肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。

       3.氯离子含量、

       一般没有人会去检测氯离子含量，但有些原料却含有不少的氯离子，特别是在严重忌氯的作物上使用时，会出现严重问题。也有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。

       4.含盐量

       肥料盐分离，就好像把一包食盐洒到有限的地里，作物很受影响。一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐份较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。

       5.阳离子交换量

       一般腐熟的有机肥，其阳离子交换量大，保肥肥力，缓冲能力强，对pH、盐分有很好的缓冲作用，对于维持土壤的良好状况有着很重要的作用。而没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。

      6.腐植酸

      新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵尤为明显。

      腐植酸与铵、钾、钠结合，具有刺激作物生长的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促产，促萌发，腐植酸更可因为其交换能力而增强土壤缓冲能力。

      7.小分子脂肪酸

       低级脂肪酸对种子发芽和植物生长有不良影响。小分子脂肪酸易招引苍蝇，这比较容易观察出来。

       一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。

       8.重金属

       重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。由于设备昂贵，大部分企业是没有设备对重金属进行检测的，农资市场到现在才多见执法部门对重金属进行检测。

        9.有害微生物

       堆肥温度在50度以上的时间不少于5天，可以杀死病原菌及虫卵，达到无害化。但实际上很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达50度以上或达到了却时间维持过短，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。